Nacido en el seno del clan Mongomo en el pueblo de Acoacan en la actual frontera con Gabón, Obiang comenzó su carrera en una academia militar en España. Alcanzó el rango de teniente durante el gobierno de Francisco Macías Nguema.
Obiang desempeñó varios cargos como el de gobernador de Bioko y jefe de las fuerzas armadas de Guinea. Dio un golpe de estado contra Macías el 3 de agosto de 1979, juzgándolo y ejecutándolo poco después. Ese octubre, Teodoro se convirtió oficialmente en presidente del país y declaró que acabaría con la política represiva de su antecesor.